En los meses iniciales Nelken desplegó una actividad volcánica.  Aconsejaba hasta sobre la conducta en el frente: “Los jefes no tienen por qué ser valientes sino, por el contrario, prudentes, cautos, cuidadosísimos de su vida que es defensa de la vida de muchos y garantía de la victoria”. Montseny la felicitaba: “Representación auténtica, mandataria directa e indiscutible de la clase trabajadora”; “Una voz  de mujer y una opinión de mujer. De mujer expresión directa e indiscutible de la opinión de una gran parte de la masa trabajadora”. Azaña, en cambio, testimonia el fastidio de los mandos por sus injerencias. En el Ministerio de la Guerra, dice Zugazagoitia: “Se había convertido en una autoridad y permanecía horas y horas ordenando y disponiendo”. Mientras los funcionarios desalojaban frenéticamente los archivos y demás papeles, “tropezaban  con Margarita Nelken, que los fulminaba con la mirada, tratando de descubrir por dónde andaban los traidores. Su presencia fiscal y su palabra hiriente, pronunciada sin prudencia, irritaban. Muchos pedían desesperadamente que alguna autoridad superior la echara del edificio”.

    Rojo niega protagonismo a la briosa diputada, “aunque la propia señora Nelken creyera que mandaba. Pero no solo era ella quien así lo creía y lo hacía público entre sus contertulios y partidarios, persuadiéndoles de que si algo salía bien era por obra de sus consejos”. Ella, a su vez, se sentía preterida y furiosa: “Estoy yo sola en el Ministerio de la Guerra, y me es imposible hacerlo todo” y lanzaba una pulla a La Pasionaria: “Yo no soy de las que se retratan mucho, simulando que han estado en primera línea, cuando la verdad es que no han pasado nunca de la retaguardia”. Federica le disputaba el papel en aquellos días “los más extraordinarios de mi vida (…) Días en que yo lo hacía todo: hasta ir a Albacete a buscar cañones”. Largo la acusaba de zascandilear y desatender sus obligaciones ministeriales, pero no lograba meterla en vereda  Ella se jactaba, con los suyos, de haber creado un ejército de la nada a partir de “unas milicias desarrapadas, sin disciplina alguna”, preparando “la posibilidad de la victoria para los que han venido luego a atribuirse todo el mérito”