Después de cumplir condena, en 1986 se hizo pasar por un traficante de armas y vendió dos misiles antiaéreos a ETA. Lo que la banda terrorista no sabía era que los misiles llevaban unos sensores de localización y que su proveedor colaboraba con el servicio secreto español. La Guardia Civil pudo encontrar por primera vez un importante zulo en el que se almacenaba gran cantidad de armamento y documentación. Hasta entonces, el gobierno español desconocía prácticamente todo de ETA y esta operación supuso un importante punto de inflexión.

El 1 de diciembre de 1988 el juez Baltasar Garzón dictó una orden de búsqueda y captura de Francisco Paesa por colaboración con la banda armada y uso de identidad falsa.

Caso Roldán[editar]

En 1994 se vio implicado en el caso Roldán. En esta ocasión, se cree que Paesa engañó al por aquel entonces director general de la Guardia Civil, Luis Roldán, y se quedó con el dinero que éste había robado. Además, habría delatado su paradero a la Justicia española por el precio de un millón de libras esterlinas, es decir, más de 244 millones de pesetas de la época. Fue un tremendo escándalo para el gobierno español, que se vio engañado por Roldán y por Paesa.