El tribunal y el duque han sido muy largamente condenados por una crueldad casi sin parangón, pero, observa el historiador inglés Geoffrey Parker, “Las críticas se han basado en la deformación y exageración de los hechos. J. L. Motley, por ejemplo, escribió sobre “los torrentes de sangre” que manaron de las purgas del duque de Alba; pero, según las pautas del siglo XVI, el número de ejecuciones fue relativamente modesto, si se considera la escala de los disturbios. Ningún gobierno de aquella época  estaba dispuesto a dejar vivos a traidores y rebeldes una vez capturados. El trato de la reina Isabel hacia los rebeldes del norte después de 1569 no difirió del de Alba (excepto que las víctimas de Isabel eran católicos  y las de Alba protestantes)”. La mala fama de Alba se debe más a la hábil propaganda calvinista que a su dureza, normal para la época.

Egmont y Hoorn habían combatido a los franceses al lado de España,  pero su conducta posterior difícilmente habría sido perdonada por ningún monarca. Guillermo de Orange escapó a Alemania y organizó un ejército para entrar en Flandes. El 25 de abril de 1568  sus tropas de 3.000 hombres fueron aplastadas en Dalen por 1.600 de los tercios de Sancho Dávila y Sancho de Londoño. Un mes después los rebeldes sorprendieron en Heiligerlee a 3.200 soldados del tercio de Cerdeña mandados por el estatúder Johan de Ligne, a quienes causaron casi 2.000 bajas contra solo 50 propias  Dos meses más tarde los tercios, mandados por el propio duque, destrozaron al ejército rebelde de Luis de Nassau en Gemingen, ocasionándole 7.000 bajas contra solo 300, y en octubre  el duque atacó la retaguardia de Guillermo en Jodoigne donde le desbarató a sus 5.000 arcabuceros y le hizo 3.000 muertos contra  20 de los tercios.  Esta iba a ser la tónica de muchas batallas de los tercios, según expone el historiador militar francés  René Quatrefages. Así, en pocos meses la rebelión fue eliminada sin dar tiempo a ayudas turcas u otras.

El nuevo frente se abrió en 1566. Los reveses en el Mediterráneo habían aconsejado contemporizar con la creciente insubordinación calvinista en Flandes. Felipe dejó como regente de la región a su hermanastra Margarita de Parma, asesorada por el borgoñón cardenal Granvela, muy identificado con la política de Madrid. Margarita hizo concesiones sustanciales, retirando las tropas españolas en 1561 y apartando del Consejo a Granvela. Estas concesiones aumentaron las exigencias de los nobles Egmont, Hoorn y Guillermo de Orange, deseosos del mayor poder, que acusaban falsamente a Felipe de querer introducir la Inquisición española (la Inquisición de Flandes, más dura, no perdonaba ni a los herejes arrepentidos). Y pedían tolerancia hacia los calvinistas, que entraban en gran número desde Francia. Felipe introdujo a los jesuitas y una nueva universidad católica; y ordenó crear catorce nuevos obispados para ampliar el número de sus partidarios en los Estados Generales, pero la nobleza lo saboteó. A mediados de los 60, la situación se complicó con la larga guerra del Báltico entre Suecia y Dinamarca que cerró vías de tráfico, mientras una inflación causada por el aflujo de plata americana deprimía los negocios de la alta y media nobleza, aumentando del descontento.

En 1565 Egmont aprovechó los problemas mediterráneos para alcanzar de Felipe nuevas concesiones y menos presión anticalvinista. A su vuelta de Madrid, exageró el alcance de las promesas obtenidas, lo que creó una situación complicada. Mientras tanto, Guillermo había decidido rebelarse, y al año siguiente pidió y obtuvo la promesa de ayuda de Solimán, como anteriormente había hecho Francisco I de Francia. Pero, al haber fracasado los turcos en Malta y fallecer Solimán al año siguiente (1566), causando revueltas en su imperio, el Mediterráneo se calmó y Felipe pudo ocuparse de Flandes. Los protestante utilizaron la crisis de subsistencias en la región para empujar a parte de la población hambrienta a saquear monasterios e iglesias, destruir imágenes y, según versiones, matar religiosos. Así comenzó la guerra. Las violencias provocaron una indignada reacción católica proespañola, y  Margarita propuso hacer concesiones, pero desde una posición de poder, no de debilidad como hasta entonces.