No acabaron ahí las desgracias para quienes con tanta esperanza de botín se habían alistado. Las finanzas de la reina estaban bajo mínimos y Norris, bien consciente de ello, sugirió que fuesen pagados con la venta de las mercancías capturadas a los mercantes apresados ilegalmente por Drake, pero los propietarios, sobre todo alemanes, reclamaron la devolución, que tampoco pudo hacerse. Así, los supervivientes recibieron cinco ridículos chelines por cabeza, al paso que Burghley les prohibía entrar en Londres. Surgieron protestas violentas, sofocadas manu militari, algunos desafiaron la prohibición de ir a Londres y fueron allí a protestar, recibiendo castigos y siete de ellos la horca.

La batalla de Lisboa, unida a la de La Coruña, fue básicamente por tierra y no tuvo la espectacularidad de la de Lepanto, pero su transcendencia no fue menor para España. Mantuvo la unión ibérica e impidió la posible toma de las Azores, lo cual habría tenido consecuencias catastróficas sobre el Imperio hispano y en los demás teatros bélicos. Basta recordar la euforia del mundo protestante por el desastre de la Gran Armada para entender lo que habría supuesto un segundo golpe mucho más demoledor. Por parte inglesa la expedición fue planteada con gran ambición, pero en principio no tenía nada de inviable, y las fuerzas dedicadas a ella eran suficientes. La clave de su derrota –que no simple fracaso como en el caso de la “invencible” radicó en la falta de entusiasmo de los portugueses por Crato y sus acompañantes; o, a la inversa, en la destreza política de los mandos españoles que evitó posibles y aun fáciles confrontaciones con los portugueses. En conjunto, el fallo inglés de Santander fue un factor secundario. Desde luego, de haber tenido éxito habría causado serios daños al poder naval español, aunque ya se estaba construyendo una nueva flota en otros puertos. Y no habría evitado el desbarate en Lisboa, causado por la excelente conducción de Fuentes y Alberto, cuya hábil y eficaz táctica de hostigamiento fue agotando y hambreando a los enemigos, y al mismo tiempo neutralizó a los agentes de Crato, evitó posibles desavenencias entre españoles y portugueses, y elevó la moral de la población, que de otro modo podría haber generado reacciones imprevisibles. Por la parte contraria no deja de ser un enigma la falta de colaboración entre Drake y Norris, pues la presencia de la Contrarmada ante Lisboa habría podido muy bien cambiar el cariz de la campaña. Luego, la epidemia, posiblemente causada por el hambre y la sed provocadas por el hostigamiento hispano, remató la expedición del modo más catastrófico.