No, no eran conjeturas. Bastaba el principio de causalidad. Era evidente que la herencia se daba. No era ninguna conjetura. La otra posibilidad (que la herencia fuese una casualidad muy grande dada a ll largo de la Historia) era absurda. Es como decir que realmente la Física no es una ciencia sino una conjetura, pues realmente no podemos saber con seguridad la posición y la velocidad de una sola partícula de materia ni conocer cuál es el elemento más básico de la materia (el verdadero átomo) o si este existe realmente. 

Lógicamente,si uno presupone que tal fenómeno es producto de Dios, no hace falta correr mucho para “demostrar” que Dios existe.

Buena muestra de falacia del hombre de paja. No parto de que todo sea efecto de Dios. Parto de suponer que lo que veo existe realmente y  que esto no puede ser necesario (pues podría no haber existido en un sistema lógico coherente) 

Además, usted mismo dice que no puede, no solo comprenderse a Dios, si no que no se le podrá conocer nunca de ningún modo. O sea, la comprobación es imposible,por lo que saber la causa de los efectos 

Digo que no se le puede conocer perfectamente ni podemos verlo con nuestros cinco sentidos, no que no pueda conocerse alguna cosa de Él. 

Pero a Neptuno y a los genes los conocemos ahora, y con ello se pudo demostrar que tales efectos eran causados realmente por ellos.

No. Que “algo” existía que provocaba esos efectos se conocía perfectamente, igual que aunque no se tengan todas las leyes de la Física se conoce perfectamente que estas permiten la existencia de un planeta con vida inteligente. 

¿Entonces, en el nombre del Minotauro, como podemos demostrar que tenemos o no razón al afirmar que esos efectos don correspondientes a Dios,si eso segun usted mismo es imposible de comprobar? 

Por la misma razón que los genes y Neptuno. Aunque no se hubiesen descubierto los genes y Neptuno, seguiría habiendo la necesidad de la existencia de “algo” que provocase la herencia o la órbita especial de Urano. Se llama principio de causalidad. 
Ni siquiera conocemos bien cómo influyen los cromosomas en nosotros, pero sabemos  que lo hacen. 

Buen hombre de paja. Dios no existe de la nada, existe desde la eternidad. La demostración es que SOLO LO NECESARIO puede existir eternamente. 

Si se decide que Dios es eterno, y por lo tanto, no precisa de un “nacimiento” de la nada, pues el cosmos también, y solucionado el problema.  

Para eso habría que “decidir” que el “cosmos” (supongo que te refieres a los seres que vemos) es necesario y no contingente. Pero ese axioma es absurdo para con la realidad, pues podríamos crear mentalmente un mundo perfectamente racional y coherente en que sus criaturas fueran todos angeles incorporeos o incluso un mundo donde solo existiese Dios. Lo necesario es lo que, sin violar la razón, no puede no haber existido. Y evidentemente la materia e incluso los ángeles podrían no haber existido en un sistema perfectamente racional. Decir que la materia es necesaria es absurdo.