La decadencia más profunda data de la invasión napoleónica, en la que España tuvo el aliado más indeseable posible, y que dejó al país en la ruina, perdido el  imperio y, lo más grave, una sociedad acremente dividida y guerracivilista. Una de las causas principales de la hegemonía española había sido precisamente su estabilidad interna, y gracias a ella, después de la guerra de Sucesión, pudo España mantener un status de gran potencia, aunque ya no de primer orden. 

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El Conde de Arana, un ilustrado, pretendía hacer lo mismo que hacia el Rey inglés con sus colonias con la diferencia que el imperio español al que pretendía desmembrar no estaba formado por colonias sino por provincias. La desarticulación de las formas tradicionales que había impuesto el imperio español hasta entonces, se cuestionaron sólo porque las nuevas ideas de Europa las cuestionaban. Mientras unos intentaban imitar a los españoles, nosotros implantaban los modelos liberales que rechazaban los demás, así se produjo un desamparo indígena en América, la formación de nuevas formas de explotación que beneficiaban a unos pocos, intentado imitar a las grandes compañías de otros reinos, con poco éxito y produciendo el efecto contrario. 

La Armada se reforzó, a pesar de que el embajador inglés en Madrid medraba para que España cesara de construir barcos. Eso se produjo con la destitución de Ensenada, que estaba convencido de que España debía superar a Inglaterra en poder naval. El embajador inglés envió una carta a Londres que creo decía algo así como: “con la destitución del ministro, por fin España va a dejar de construir barcos”. Lo que es curioso es que la mayoría de historiadores ingleses que ensalzan los métodos de los ingleses y critican los españoles, por ejemplo en la formación de sus capitanes como Nelson, no admiten que Inglaterra sopesó copiar el sistema español, por ejemplo el de enrolar a su marinería de la población civil no como hasta entonces que los reclutaba de los bares y tabernas de los puertos ingleses entre borrachos y maleantes sin oficio ni beneficio o para cumplir penas por delitos “o a la Navy o a la cárcel” sentenciaba el juez , lo que les causaba grandes problemas de disciplina. España, formaba a sus marinos en la mar, como presumían los ingleses, pero les sometía a una formación previa muy exigente. España también distinguía entre capitanes, con formación científica, de los pilotos, con formación técnica. Aún así, había deficiencias.