Se ha popularizado la idea de que el cristianismo, en particular su rama católica, rechazó la ciencia, y que esta solo pudo consolidarse rompiendo las ligaduras religiosas. Pero si bien el pensamiento científico toma forma apartándose un tanto de la religión (y la filosofía), no puede ser casual su nacimiento en la Europa cristiana, en instituciones como las universidades y academias creadas en tan fundamental medida por la Iglesia; ni la contribución científica en todo tiempo, antes y después, de eclesiásticos y personas de espíritu religioso. Sin todo ello nunca habría eclosionado el espíritu científico.
A menudo se ha relacionado la ciencia moderna con el protestantismo, y es verdad que ganó impulso en (algunos) países protestantes; pero el hecho es que se originó en los católicos, y que la católica Francia permaneció siempre en primera línea. El énfasis protestante en la fe y su descrédito de la razón parecían de entrada impedir la ciencia, pero dejaban acaso mayor margen a la especulación mundana al separar la fe de la vida práctica, por cuanto la voluntad de Dios quedaba inaccesible al hombre: al final, la religión podía reducirse a una hipótesis innecesaria. Además, el protestantismo era una doctrina esencialmente pesimista, al contrario que el catolicismo, que fiaba tanto a las obras (y la ciencia, el trabajo por conocer mejor la Creación era también una obra que suponía méritos). En todo caso, la Inglaterra semiprotestante descolló con Isaac Newton, estimado a menudo como el mayor científico de la historia; y con la Royal Society, fundada en 1660, quizá la sociedad científica más notable de Europa; mientras la Academia dei Lincei iba languideciendo. Por tanto, la cuestión es más bien por qué Italia perdió el paso en la ciencia después de haber contribuido tan decisivamente a ella, y por qué en España se anquilosó mientras en Francia fructificaba espléndidamente.
El impulso científico provocaba inquietud y reticencia en muchos ambientes religiosos. Si el hombre dejaba de ser el centro del universo para convertirse en un animal, peculiar pero en definitiva un animal más, regido a leyes aún desconocidas pero semejantes a las de cualquier otra forma de vida, y sin ningún sentido o finalidad especial, ¿dónde quedaba su dignidad, su libertad y todos los atributos que tradicionalmente se autoconcedía como imagen de Dios? Oscuramente se percibía un camino lleno de peligros, contrario a la religión, hacia el ateísmo y el extravío moral.
En relación con España, habría que añadir otro aspecto. Se ha atribuido su retraso cietífico a la Inquisición, pero esta no persiguió a los científicos ni quemó sus libros; más bien los protegió. El inquisidor Juan de Zúñiga incluyó expresamente el sistema copernicano en los estudios universitarios y creó estudios matemáticos de cierta consideración. Y, pese a las condenas de Roma, desestimadas como no de fe, lo mismo pasó con Galileo, que pensó en instalarse en España cuando comenzaron sus dificultades romanas. Tampoco se prohibieron los trabajos científicos de Newton o Leibniz ni las obras de Spinoza o Hobbes. Diversos inquisidores promovieron las bibliotecas y la publicación de libros científicos, y alguno, como Vicente del Olmo, editó la Geometría especulativa y práctica de los planos y de los sólidos, y Trigonometría con resolución de triángulos planos y esféricos, del matemático y astrónomo José de Zaragoza, o escribió Nueva descripción del Orbe de la Tierra.
Por otra parte España, con Portugal se había adelantado un siglo al resto de Europa en la exploración del mundo y en la colonización, tareas seguidas de estudios científicos sobre la naturaleza, la historia y la etimología de los nuevos territorios, tales como la Historia natural y moral de las Indias, de José Acosta donde expone observaciones zoológicas precursoras en alguna medida del evolucionismo, etc.; y hubo avances apreciables en la construcción naval, cartografía, ominería; y algunos miembros de la Escuela de Salamanca plantearon problemas físicos sobre el movimiento que desarrollarían Galileo y Newton. El ambiente era bastante liberal hacia los estudios científicos, y las condiciones materiales tan buenas como en cualquier otro país. Ciertamente la economía y la población declinaron en el siglo XVII pero ello no tenía por qué anular a minorías despiertas e inquietas. Lo cual vuelve más extraño el hecho de que, como resume el matemático italiano Libri “la única gloria que Dios ha negado a España hasta ahora ha sido un gran geómetra”, es decir, un gran científico.
Quizá esta limitación, que tanto había de pesar en la decadencia hispana, obedeciera al carácter más romano que griego de su tradición. Y probablemente incluía un rechazo a la ciencia por desarrollarse en países considerados enemigos, mentalidad contraria a novedades que venían haciendo naufragar la anterior hegemonía española (“novedad, no verdad”, se decía con romo juego de palabras). España se había reconstruido durante ocho siglos de lucha contra invasiones islámicas, otro más contra la amenaza turca, y seguía hostigada desde el Magreb, mientras otros países, que veían el peligro más lejos, se habían permitido incluso atacar por la espalda a quienes estaban defendiendo a todos. La combinación de decadencia y resentimiento por aquellos hechos fomentó un ambiente de recogimiento, muy distinto de la intrepidez y apertura mental que antaño había procurado tantos éxitos al país.